親子鑒定法律適用的理論基礎(chǔ)在于：親子關(guān)系是否得以爭執(zhí)，親子鑒定有無適用的余地；以及在何種情況下，判斷親子關(guān)系存在與否，以進行親子關(guān)系為必要。
     通說認為，親子關(guān)系既存在可以進行爭執(zhí)的領(lǐng)域，亦存在不得進行爭執(zhí)的領(lǐng)域。一般情況下，認為生物學上的親子關(guān)系是決定法律上父母的第一次基礎(chǔ)，當法律上的親子關(guān)系與生物學上的事實不相符時，也是以后者作為修正前者的依據(jù)?，F(xiàn)在親子法也強調(diào)“為子女”的理念，在親子關(guān)系確定的程序上，貫徹血緣主義的適用。

     同時，雖然生物學上的事實雖然是決定法律上親子關(guān)系的最重要的一個因素，但也并非唯一的因素。這現(xiàn)代親子法的一個特點。親子關(guān)系也存在不得爭執(zhí)的領(lǐng)域。如，親子共同生活的事實或者一段時間經(jīng)過，則親子關(guān)系不問有無血緣聯(lián)系，都可以確定下來。不能加以爭執(zhí)，因此，也無進行親子鑒定的必要。另外，經(jīng)過法律上的程序確立的親子關(guān)系，如由自然出生的登記、婚生推定等程序確定的親子關(guān)系不容輕易破壞，這是親子法的一大重要原則。因此，生物學上的親子關(guān)系和法律上的親子關(guān)系應(yīng)當嚴加區(qū)別。不得輕易由親子鑒定來推翻法律上的親子關(guān)系。

     以下幾種情形，可采取親子鑒定來判斷親子關(guān)系存在與否：

     第一，當事實處于真?zhèn)尾幻鞯臓顟B(tài)，以及法官對雙方當事人的供述產(chǎn)生懷疑的時候，可以調(diào)查補充證據(jù)，并且進行親子鑒定。

     第二，當雙方當事人就親子關(guān)系爭端無法達成一致的共識，雙方同意要求以親子鑒定方法來解決親子關(guān)系糾紛的，法院可以依職權(quán)啟動親子鑒定程序。

     第三，在法庭上，如果其他證據(jù)的收集和公開會極大損害當事人的隱私或者激化矛盾的。為避免挖掘隱私，激化矛盾，可進行親子鑒定。