Y-STR分型檢測在親子鑒定中常用于父系的親緣鑒定。用于鑒定男性與男性之間是否來源同一父系。那么Y-STR在法醫(yī)鑒定應(yīng)用中有那些問題呢？

   （一）    男-女性混合物種男性組分的檢測

部分X和Y染色體表現(xiàn)出高度的序列相似性，即使是非常特異的擴增條件，女性DNA仍能得到擴增產(chǎn)物。在DYS391和DYS393基因座女性DNA可以得到與男性一樣的擴增產(chǎn)物。對于DYS391基因座，可以用新設(shè)計的Y-染色體特異引物克服這個問題，而其他基因座即使重新設(shè)計引物，仍不能解決男性特異問題。

（二） 父權(quán)鑒定

對于父權(quán)鑒定，必須考慮突變率的問題，尤其是涉及親屬的案件。同一個個體在多個Y-STR和常染色體基因座觀察到突變，可能會導(dǎo)致假排除。按Rolf將多個基因座的突變率考慮進去計算父權(quán)概率來計算似然率，應(yīng)以似然率分析由于突變引起的表觀排除。

（三）  Y染色體缺乏重組影響

    Y染色體缺乏重組，意味人群中每個個體將與同一個父系下的其他人擁有同一個單倍型。對于Y染色體的標(biāo)記，同一父系的所有男性擁有相同的單倍型，不能區(qū)分開彼此。不過，這種情況只指DNA以外的證據(jù)表明嫌疑人與犯罪是近親的情況。

     多個Y-STR基因座的等位基因頻率不能以相乘方式計算，所有的Y-STR基因座組合只能考慮為一個單倍型，而且其頻率只能根據(jù)相關(guān)人群的數(shù)據(jù)評估。

群體數(shù)據(jù)來自于無關(guān)個體，沒有關(guān)系的個體，那些來自于某一人群較大家系的常見的單倍型頻率可能會偏低。在遷移較大的游牧群體中，隨機二個個體間有父子的幾率是很低的，但是，在一個很小的孤立封閉的農(nóng)村人群，這種幾率可能很高，必須考慮是否能用一般人群的數(shù)據(jù)來評估這種人群的相似意義。

（四）  污染的危險性

     實驗室必須擁有本實驗室男性分析人員的Y-STR的資料，以便檢查物證是否被污染和可能的污染源。

     增加擴增環(huán)樹，以增加對物證的驗證靈敏度，但必須知道可能會增加物證被污染的可能性，在解釋物證樣品要考慮進去的。