1 高突變率

    Y-STR同常染色體STR一樣都具有一定的突變率。Manfred和Antti(2001)對(duì)DYS19等15個(gè)Y-STR進(jìn)行突變率的調(diào)查，結(jié)果在總共4999個(gè)真父子對(duì)中發(fā)現(xiàn)7個(gè)基因座14例突變，平均突變率約為2.80×10^-3，與常染色體STR突變率相似。Y-STR的突變率一般不超過常染色體突變率，即使高度多態(tài)性的DYS385和YCAII基因座的突變率也在常染色體STR突變率范圍內(nèi)。因此，德國親子鑒定專家證人協(xié)會(huì)認(rèn)為Y-STR與常染色體STR的判斷標(biāo)準(zhǔn)應(yīng)該相同，即要3個(gè)以上的基因座不同才能排除親權(quán)。

    2 種屬特異性

    盡管PCR擴(kuò)增具有特異性，但由于Y染色體進(jìn)化速度慢，針對(duì)人類Y-STR的PCR擴(kuò)增在一些高級(jí)靈長動(dòng)物中也有被擴(kuò)增出來的危險(xiǎn)。Gusmao等（2002）就跟曾報(bào)道部分人類Y-STR在黑猩猩DNA中能被擴(kuò)增出來。

    3 引物非特異性               

    Gonzalez-Neirea等（2001）指出，部分Y染色體與X染色體具有同源性，從而使X染色體上的STR有可能被擴(kuò)增出來，這種情況有的可能通過采用特異性Y-STR引物來避免，有的卻無法避免，所以在擴(kuò)增男女混合樣本時(shí)要特別注意。

    4 單倍型相同對(duì)同一認(rèn)定的影響

    由于起源于同一男性祖先的男性成員單倍體相同（突變除外）,相同的單倍型可能導(dǎo)致錯(cuò)誤的同一認(rèn)定。因此，Y-STR作為常染色體STR的重要補(bǔ)充，在不能排除的案件中還要結(jié)合常染色體STR作出綜合判定。