若被測男子不能排除孩子的生物學(xué)父親，那么我們就要用統(tǒng)計學(xué)來計算其為孩子生物學(xué)父親的可能性。此時通常計算父權(quán)指數(shù)（PI）。
    父權(quán)指數(shù)（PI）是兩種假設(shè)可能性的比值，分子表示父權(quán)概率，分母表示同種族的隨機男子是孩子生物學(xué)父親的概率。具體來講，分子指假設(shè)被檢男子為生父，檢出基因型的概率；分母指假設(shè)隨機男子為生父，檢出基因型的概率；父權(quán)指數(shù)是兩種不同假設(shè)下概率間的死然率比率。這個似然比率反映了（如一系列等位基因）第一種假設(shè)是第二種假設(shè)的多少倍，從而判斷其證據(jù)作用。隨機匹配時，未檢測的隨機男子遺傳給孩子某一等位基因的概率與該人群次基因頻率相同。
    PI通常用X/Y來表示，X是被控父（AF）提供基因的概率，Y是該人群隨機男子提供基因的概率。通常，AF為純合子時X等于1，AF為雜合子時X等于0.5。在計算隨機男子提供生父基因概率時，常常要使用不同遺傳標(biāo)記等位基因頻率分布的人數(shù)數(shù)據(jù)。
   對于所有被檢的遺傳基因座，先計算每個基因座的PI值，各個基因座的PI的乘積則為累積父權(quán)指數(shù)（CPI）?？隙ㄓH權(quán)關(guān)系的最低標(biāo)準PI值為100或更大。PI值等于100意味著被控父為孩子生父比隨機男子為孩子生父的可能性大99倍。
    親權(quán)鑒定中使用的另一種統(tǒng)計學(xué)方法是計算非父排除率，它是指若親源關(guān)系符合Hardy-Weinberg 平衡定律，所有基因型頻率排除率。用于計算親源關(guān)系統(tǒng)計學(xué)的計算機程序有DNA View。

    親子鑒定技術(shù)數(shù)據(jù)分析時，每一個基因座位點都需要計算父權(quán)指數(shù)，累計父權(quán)指數(shù)就是所有檢測的位點的父權(quán)指數(shù)累計相乘，累計父權(quán)指數(shù)是親子鑒定技術(shù)質(zhì)量控制的一個指標(biāo)，他代表需要檢測的位點的數(shù)量是否在行業(yè)質(zhì)量控制的范圍內(nèi)（國標(biāo)累計親權(quán)指數(shù)大于9999）。