1)經(jīng)DNA檢測（系統(tǒng)的累計非父排除率在99.99%以上），發(fā)現(xiàn)各基因座符合相應(yīng)的遺傳定律，2000

    2)經(jīng)常染色體DNA檢測（系統(tǒng)的累計非父排除率在99.99%以上），發(fā)現(xiàn)1~2個基因座不符合相應(yīng)的遺傳定律（考慮存在突變），這種情形下，應(yīng)增加檢測其它的高度多態(tài)性且遺傳穩(wěn)定的STR基因座；若被檢驗的孩子為女孩，應(yīng)盡可能對被檢父母與女孩增加檢測 X-STR；若被檢驗的孩子為男孩，且被檢父與孩子可能的生父不屬同一父系，應(yīng)盡可能對被檢父與男孩增加Y-STR的檢驗。將突變基因座寫入報告書中，并按突變基因座PI值的計算方法（見備注）計算PI和CPI值。計算后若發(fā)現(xiàn)CPI≤0.0001，則據(jù)此排除親權(quán)關(guān)系；若0.0001＜CPI＜10000，則不排除親權(quán)關(guān)系。

    備注1：若三聯(lián)體中存在不符合遺傳規(guī)律的常染色體遺傳標(biāo)記，如孩子的表型為PQ，被檢測男子表型為P'R，其中P'比P 小或大1個或2個重復(fù)單位（s=1或2），μ為該基因座平均突變率，p為等位基因P的頻率，親權(quán)指數(shù)計算方法為：

    突變?yōu)?span lang="EN-US">1步(s=1), 則: PI =X/Y = μ/(4p)

    突變?yōu)?span lang="EN-US">2步(s=2), 則: PI =X/Y = μ/(40p)

    突變?yōu)?span lang="EN-US">3步(s=3), 則: PI =X/Y = μ/(400p)

    余此類推（見表6）

    表6 三聯(lián)體中存在不符合遺傳規(guī)律的遺傳標(biāo)記時親權(quán)指數(shù)計算實例

    (以D7S820為例，平均突變率μ為0.002 )

    注：表中P7、P8、P9為相應(yīng)等位基因7、8、9的頻率

    備注2：若二聯(lián)體中存在不符合遺傳規(guī)律的常染色體遺傳標(biāo)記，如孩子的表型為PQ，被檢測男子表型為P'R，其中P'比P 小或大1個或2個重復(fù)單位（s=1或2），μ為該基因座平均突變率，p為等位基因P的頻率，則親權(quán)指數(shù)計算方法為：

    突變?yōu)?span lang="EN-US">1步(s=1)，則: PI =X/Y = μ/(8p)

    突變?yōu)?span lang="EN-US">2步(s=2)，則: PI =X/Y = μ/(80p)

    突變?yōu)?span lang="EN-US">3步(s=3)，則: PI =X/Y = μ/(800p)

    余此類推（見表7）

    表7 二聯(lián)體中存在不符合遺傳規(guī)律的遺傳標(biāo)記時親權(quán)指數(shù)計算實例

    (以D7S820為例，平均突變率μ為0.002 )

    注：表中P7、P8、P9為相應(yīng)等位基因7、8、9的頻率

    3)   若被檢父與可能的生父存在特殊的血緣關(guān)系（如父子關(guān)系、叔侄關(guān)系、同胞兄弟關(guān)系等），在可能的情況下，應(yīng)同時提取孩子生母和其他的可疑父親的樣本進行檢驗。

    4)   在祖孫關(guān)系鑒定中，經(jīng)常染色體DNA檢測（系統(tǒng)的累計非父排除率在99.99%以上），若發(fā)現(xiàn)1～2個基因座不符合相應(yīng)的遺傳定律（考慮存在突變），應(yīng)增加檢測其它的高度多態(tài)性且遺傳穩(wěn)定的STR基因座；若被檢驗的孩子為女孩，應(yīng)盡可能對被檢祖母與孫女增加X-STR的檢驗；若被檢驗的孩子為男孩，應(yīng)盡可能對被檢祖父與孫子增加Y-STR的檢驗。若仍然只有原來的基因座不符合遺傳規(guī)律，則將這些基因座當(dāng)作突變基因座處理，寫入報告書中，出具“不排除存在生物學(xué)祖孫關(guān)系”的鑒定意見。