同一基因座的STR基因分型是通過比較樣本與相同基因座等位基因ladder的大小而確定的，因而不同的電泳均需要有高精確度，才能保證等位基因ladder的電泳和未知樣本的電泳間正確比對。檢測系統(tǒng)的精確度通過在正常的系統(tǒng)操作條件下，對已知樣本或等位基因ladder進(jìn)行分析來確定。
分離和檢測平臺的精確度必須小于+/-0.5bp，既能分辨微變異等位基因，又能分離相差一個核苷酸的完全重復(fù)等位基因。通常情況下，PCR產(chǎn)物的分子量越大，檢測的錯誤率越大。因此，與小基因座如D3S1358和TH01比較，如FGA和D18S51等較大STR基因座的等位基因會有較大的檢測變異。
對于ABI 310用戶，由于在兩個等位基因ladder間的大量樣本依次進(jìn)樣電泳，不同電泳之間的比較要求較高的精確度，以保證電泳間的比對。即使用平板電泳分析樣本，因?yàn)槊恳话迳?span lang="EN-US">ladder有限，比對不同泳道之間樣本時也要求高精確度。這一原則同樣適用于多個毛細(xì)管電泳分析系統(tǒng)。
ABI 310的精確度通常小宇0.1bp。即使電泳時2℃或3℃的微小室溫變化可以引起等位基因峰的漂移，與內(nèi)標(biāo)有輕微不同，就會導(dǎo)致片段長度不同。針對此問題，應(yīng)增加等位基因ladder的電泳，如每10個樣本作一個，而不是20個，這樣分析樣本時可利用與之最近的ladder。
