目前的DNA自動測序，均采用熒光標記及激光檢測系統(tǒng)。一糞采用平板電泳分離原理的測序儀，如ABI 377型，另一類是采用毛細管電泳分離原理的測序儀，如ABI 310、3100型等。ABI 377型自動DNA測序儀，采用四種熒光染料標記，標記終止物ddIVIP或引物5’端兩種方式均可采用。測序反應產物帶有不同熒光標記，一個樣品只占一個泳道上樣，經(jīng)電泳后A、C、G、T各個熒光譜帶分開，經(jīng)激光檢測器同步掃描，熒光物經(jīng)激光激發(fā)后，A、C、G、T分別產生綠、紅、藍、黃四色熒光，經(jīng)光柵分光后被CCD攝像機接收后同步成像，傳輸?shù)诫娔X中分別以綠、紅、藍、黃四種顏色存儲，電泳結束后，利用測序分析軟件自動分析結果。四種熒光染料分子量比較接近，因此產生的譜帶間距相等。377型DNA測序儀有四種類型：377 - 18、377 - 36、377 - 64、377 - 96，一次檢測樣品數(shù)目分別為18、36、64、96個。
      377型DNA測序儀自動化程度高，有較高的精確性，還有以下實用特點：①多重熒光標記代表不同堿基信息，經(jīng)光柵分光可分別檢測并存儲，一次掃描可完成4種熒光的檢測；②分析效率高，測序速度高達200bp／／j、時，一次電泳需6~8小時；③測序片段較長，可測定700多個堿基的DNA斤段；④電泳參數(shù)設置、數(shù)據(jù)收集分析以及結果輸出均由電腦控制，并設置有對儀器運行狀態(tài)的同步監(jiān)測。結果的輸出方式有凝膠圖譜、熒光吸收峰圖、堿基排列順序等3種，可供選擇；⑤采用水浴循環(huán)泵和溫度檢測器實時監(jiān)測，電泳溫度恒定，還可調節(jié)溫度適應各類特殊電泳要求；⑥軟件采用人機界面，簡便易學，配有多種軟件，適于多種用途分析，如DNA片段大小和定量分析、SSCP分析等；⑦簡化制膠程序，灌膠方便快捷；⑧測序方法靈活多樣，PE公司可提供20多種試劑盒，可滿足不同工作的需要；提供三種不同長度的凝膠電泳板，可根據(jù)對電泳時間和樣品分辨率的不同要求選擇，不僅可進行DNA序列分析，還可對DNA片段進行長度分析(分辨率可達lbp)和定量分析。