甲醛固定和石蠟包埋組織中的DNA因受甲醛作用脆性增加，受機(jī)械剪切力作用后容易發(fā)生斷裂。因此，提取DNA過(guò)程中，應(yīng)盡量減少提取過(guò)程中的操作步驟，減少對(duì)DNA分子的額外損傷。此外，甲醛固定和石蠟包埋組織提取的DNA中存在著一些不能通過(guò)蛋白酶K消化和有機(jī)萃取法去除的PCR反應(yīng)抑制因子，如某些染色劑小分子對(duì)DNA聚合酶的抑制，以及DNA嚴(yán)重降解后出現(xiàn)的大量寡核苷酸碎片可競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合PCR反應(yīng)體系中的Mg2+，降低Mg2上的有效濃度，從而降低Taq酶的活性，同時(shí)還可干擾引物與模板的結(jié)合而降低PCR擴(kuò)增效率。這種抑制劑作用隨檢材量的增加，其抑制效果越加明顯。因此，對(duì)于甲醛固定和石蠟包埋組織及病理切片DNA的提取，以及對(duì)DNA模板的進(jìn)一步純化相當(dāng)必要。目前比較有效的提取方法是以硅基質(zhì)作為提取純化DNA的材料的QIAGEN法和IQ法，以及比較廉價(jià)簡(jiǎn)便的Chelex-100法。