常染色體遺傳標(biāo)記，例如13個(gè)核心STR基因座，在每一子代進(jìn)行重新組合，這是因?yàn)橐粋€(gè)個(gè)體的遺傳信息一半來(lái)自他／她的父親而另一半來(lái)自他／她的母親。但是，在討論的Y染色體及線粒體遺傳標(biāo)記則代表的是“家系遺傳標(biāo)記”，除非發(fā)生突變，它們毫無(wú)變化地世代相傳。線粒體DNA為母系遺傳而Y染色體遺傳標(biāo)記則是父系遺傳。

      對(duì)于這些家系遺傳標(biāo)記，一個(gè)個(gè)體只有單一等位基因，因此從每個(gè)遺傳標(biāo)記獲得的遺傳信息往往用單倍型而不是基因型來(lái)表述。Y染色體遺傳標(biāo)記連鎖在同一條染色體而且在每一子代中并不進(jìn)行重組，用統(tǒng)計(jì)學(xué)計(jì)算隨機(jī)匹配概率時(shí)并不能簡(jiǎn)草的相乘。因此使用家系遺傳標(biāo)記來(lái)區(qū)分兩個(gè)個(gè)體時(shí)不能像那些彼此不連鎖而且在遺傳時(shí)隨機(jī)分離的常染色體遺傳標(biāo)記那樣有效。但是正如我們法醫(yī)DNA分型中討論的那樣，Y染色體及線粒體DNA遺傳標(biāo)記在法庭調(diào)查中仍然發(fā)揮著重要的作用。