SNPlex系統(tǒng)通過(guò)對(duì)片段化后的模板進(jìn)行連接反應(yīng)，將連接產(chǎn)物純化后用通用引物進(jìn)行擴(kuò)增，通過(guò)生物素與鏈霉親和素的共價(jià)結(jié)合錨定在雜交板上后，用檢測(cè)探針與錨定產(chǎn)物進(jìn)行雜交，然后洗脫探針進(jìn)行電泳分型檢測(cè)(Tobler et a1．，2005; De LaVega et al.,2005)。
      寡核苷酸連接反應(yīng)包括模板的活化和連接兩個(gè)部分，活化是指在特定條件下利用分子的熱碰撞原理使一定濃度、一定體積的模板DNA均勻分散為可使用的DNA片段，我們稱之為片段化過(guò)程。分散為片段的模板DNA在ATP存在的條件下，與環(huán)境中的連接子和探針結(jié)合在一起，稱為寡核苷酸連接反應(yīng)。每個(gè)SNP位點(diǎn)的反應(yīng)都會(huì)使用兩個(gè)通用的連接子和三條位點(diǎn)相關(guān)的探針——分別是兩條等位基因特異性寡棱苷酸探針和一條位點(diǎn)特異性寡核苷酸探針。對(duì)于一個(gè)SNP位點(diǎn)而言，在單鏈上僅是一個(gè)堿基的位置，在SNPlex系統(tǒng)中，位點(diǎn)之前的序列被設(shè)計(jì)成為等位基因特異性寡核苷酸探針ASO的一部分，而位點(diǎn)之后的序列被設(shè)計(jì)成為位點(diǎn)特異性寡核苷酸探針的一部分。等位基因特異性寡核苷酸探針ASO的另外一部分是具有標(biāo)記性質(zhì)的ZipCode序列，ZipCode序列可以和與之嚴(yán)格互補(bǔ)配對(duì)的ZipChute探針相結(jié)合。位點(diǎn)特異性寡核苷酸探針的另一部分由通用引物的反向互補(bǔ)序列構(gòu)成。兩個(gè)連接子中，等位基因特異性寡核苷酸探針連接子由帶有通用引物的正向互補(bǔ)序列的部分和與ASO探針中ZipCode序列互補(bǔ)的部分，以及一個(gè)帶有特異性酶切位點(diǎn)的發(fā)夾結(jié)構(gòu)共同組成；位點(diǎn)特異性寡核苷酸探針連接子僅由一個(gè)帶有特異性酶切位點(diǎn)的發(fā)夾結(jié)構(gòu)和一段與通用引物的反向互補(bǔ)序列互補(bǔ)的部分構(gòu)成。在特定條件下，探針會(huì)與模板互補(bǔ)結(jié)合，也會(huì)在ATP存在的條件下與其他部分連接在一起，形成一個(gè)半閉環(huán)結(jié)構(gòu)。在特異性酶的作用下，單鏈DNA被水解，而具有保護(hù)性接頭的連接產(chǎn)物得以純化成為PCR反應(yīng)的模板，并在含有單向生物素標(biāo)記的通用引物作用下完成復(fù)合擴(kuò)增。，將擴(kuò)增產(chǎn)物加入固定右鏈霉親和素的雜交板進(jìn)行第一次雜交反應(yīng)后，將沒(méi)有雜交結(jié)合的產(chǎn)物洗脫，再加入與ZipCode序列嚴(yán)格互補(bǔ)配對(duì)的ZipChute探針進(jìn)行第二次雜交，純化并收集ZipChute探針進(jìn)行電泳檢測(cè)。