變性梯度凝膠電泳(denaturing gradient gel electrophoresis，DGGE)技術(shù)利用了由堿基序列所決定的DNA片段溶解度（或稱變性度）的差異，這種差異導(dǎo)致了電泳分離中泳動率的變異，從而達到分離野生型和突變型片段的目的。該技術(shù)可達到單堿基的分辨率。如果突變直接影響到雙鏈間的親和力（如堿基轉(zhuǎn)換），這種純合雙鏈與野生型雙鏈相比，將因溶解度的變化得到檢測。如果突變雙鏈的親和力變化不足夠突出( A→T類顛換)，則以野生型和突變型序列的混合退火或共同PCR而形成異質(zhì)DNA雙鏈(heteroduplex)，利用錯配位點形成的構(gòu)象變異所產(chǎn)生的去穩(wěn)態(tài)效應(yīng)達到分離的目的。異質(zhì)條帶總是滯后于柏應(yīng)的純合條帶。DGGE技術(shù)檢測片段大于500bp，長度上優(yōu)于其他方法，幾乎可達100%的有效檢測率，無需放射標(biāo)記，是一種快速易行、最適于常規(guī)篩查小片段的突變檢測方法。現(xiàn)階段，存在三種類型的變性梯度凝膠電泳用于DNA突變檢測。第一種為垂直DGGE（濃度梯度方向垂直于電泳方向），主要甩于選擇最佳的變性劑濃度；第二種為平行DGGE，該種凝膠的變性劑濃度范圍較小，復(fù)于更好地分離目的片段；第三種為最佳恒定變性劑濃度凝膠，便于健億條啤復(fù)突變差異顯著化。如果引物選擇審慎，可用DGGE分析技術(shù)在同一塊凝膠上分離多重PCR產(chǎn)物。