多少個基因座可以在一個復(fù)合體系中擴(kuò)增，取決于擴(kuò)增產(chǎn)物檢測系統(tǒng)。目前常用檢測系統(tǒng)有銀染和熒光染料標(biāo)記自動檢測系統(tǒng)。
      （1）銀染系統(tǒng) 銀染法只根據(jù)各等位基因的片段大小來分析識別，這就要求組成復(fù)合擴(kuò)增的各個基因座等位基因片段范圍沒有重疊。復(fù)合體系中基因座數(shù)目不宜多，一般為3-4個。
      （2）多色熒光標(biāo)記檢測系統(tǒng) 該檢測系統(tǒng)可以根據(jù)等位基因片段所帶的熒光顏色不同加一鑒別，即使等位基因片段長度范圍有重疊可以根據(jù)等位基因座，也可以采取不同的熒光染料標(biāo)記，區(qū)分不同基因座的等位基因。因此這種復(fù)合體系可以有較多的基因座，如7基因座、8或10基因座復(fù)合擴(kuò)增，甚至開發(fā)有16個基因座的復(fù)合擴(kuò)增系統(tǒng)，明顯提高了檢測信息量。