DNA分子標(biāo)記是能反映生物個(gè)體或種群間基因組中某種差異特征的DNA片段。此DNA片段是將基因組DNA經(jīng)過(guò)限制性?xún)?nèi)切核酸酶切割和分子雜交或PCR擴(kuò)增后在電泳凝膠上（或雜交膜上）檢測(cè)到的。與前三種遺傳標(biāo)記相比，DNA分子標(biāo)記具有諸多優(yōu)點(diǎn)，包括：

    1 能對(duì)生物各發(fā)育時(shí)期的個(gè)體、組織、器官和細(xì)胞進(jìn)行檢測(cè)，直接以DNA的形式表現(xiàn)，不受環(huán)境影響，不存在基因表達(dá)與否的問(wèn)題；

    2 數(shù)量豐富，遍及整個(gè)基因組；

    3 遺傳穩(wěn)定，多態(tài)性高；

    4 對(duì)生物體的影響表現(xiàn)為“中性”，不影響目標(biāo)形狀的表現(xiàn)，與不良性狀無(wú)必然連鎖；    

    5 多為顯性，能為鑒別純合基因型和雜合基因型提供完整的遺傳信息；

    6 操作簡(jiǎn)便等。

    這些優(yōu)點(diǎn)使其廣泛地應(yīng)用于生物基因組研究、進(jìn)化分類(lèi)、遺傳育種、醫(yī)學(xué)和法學(xué)等方面，成為分子遺傳學(xué)和分子生物學(xué)研究與應(yīng)用的主流技術(shù)之一，并且對(duì)社會(huì)產(chǎn)生巨大沖擊。目前，被廣泛應(yīng)用的DNA分子標(biāo)記主要有RFLP（限制性片段長(zhǎng)度多態(tài)性）、RAPD（隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA）、AFLP（擴(kuò)增片段長(zhǎng)度多態(tài)性）、STS（序列標(biāo)記位點(diǎn)）、SSR或SSLP（簡(jiǎn)單重復(fù)序列）和DNA指紋技術(shù)等。

    親子鑒定技術(shù)就是DNA分子標(biāo)記的應(yīng)用，專(zhuān)業(yè)稱(chēng)之為STR（短串聯(lián)重復(fù)序列）分型檢測(cè)。