在法醫(yī)學(xué)領(lǐng)域，SNP最大的優(yōu)點(diǎn)就是可以得到最短的PCR產(chǎn)物，它們可以克服由于嚴(yán)重的PCR抑制物或高度降解給樣本分析造成的困難。短的PCR產(chǎn)物可以從嚴(yán)重降解樣本中發(fā)掘信息量。SNP遺傳標(biāo)記的擴(kuò)增產(chǎn)物片段小是由于目的區(qū)域僅是一個(gè)單核苷酸，相對(duì)而言一個(gè)STR重復(fù)序列為四聚核苷酸連續(xù)5～15次重復(fù)，就會(huì)出現(xiàn)20～60個(gè)單核苷酸，所以SNP的PCR產(chǎn)物很小。盡管在這一領(lǐng)域多年來對(duì)SNP的期望很高，但直到2004年初，SNP的優(yōu)勢(shì)仍沒有以可觀的形式科學(xué)地表現(xiàn)出來?，F(xiàn)在需要的是直接將SNP和STR檢測(cè)同一降解檢材的結(jié)果進(jìn)行對(duì)比。

    SNP成功地用于檢測(cè)2001年9月11日的世界貿(mào)易中心災(zāi)難中遇難者的高度降解樣本。同時(shí)，這些個(gè)體識(shí)別案例也體現(xiàn)了短片段STR遺傳標(biāo)記的優(yōu)勢(shì)。一些STR遺傳標(biāo)記可以通過設(shè)計(jì)靠近重復(fù)區(qū)域退火的引物，從而使PCR產(chǎn)物在長(zhǎng)度上從超過300bp減到少于100bp。這種形式的STR檢測(cè)優(yōu)于SNP之處在于有更多的等位基因，因此具有更高的識(shí)別率。更重要的是，miniSTR檢測(cè)結(jié)果與當(dāng)前保存了數(shù)百萬計(jì)犯罪分子的DNA分型數(shù)據(jù)庫具有兼容性。