等位基因分型標準物是某- STR遺傳標記在人群中常見的等位基因的混合物(Sajanti-la et a1．，1992)。它們和檢測樣本使用相同的引物，為每一個等位基因提供DNA片段大小參照物。等位基因ladder對精確地基因型分型十分重要(Smith，1995)。這些ladder就像一個量尺，是檢測每一個SIR基因座的標準，它是對不同實驗室因儀器和條件不同檢測到的不同片段進行校正的必要保證。
ladder是由基因組DNA或人群中多個個體的基因座特異性PCR產(chǎn)物聯(lián)合構(gòu)建，其中含有特定STR遺傳標記的所有等位基因(Sajantila et a1．，1992; BaechtPI et al.;1993)。這些樣本一起擴增，產(chǎn)生一個人為樣本，其中包含STR遺傳標記的常見等位基因。通過調(diào)整每種組分的加入量來平衡各等位基因的含量，以保證ladder中各種等位基因的量的平衡。如產(chǎn)生一個五等位基因6 \7.8.9、10次重復(fù)的ladder，可聯(lián)合使用分型為(6/8)、(7/10)、 (9/9)白勺樣本。還可以是(6/9)、(7／8)、(10110)或(6/6)、(7/7)、(8/8)、(9／9)、(10110)的組合。
為獲得更多的ladder（二代和三代ladder），可以簡單地用去離子水稀釋原始ladder到l／1 000 000～1／1000后，重新使用相同的PCR引物擴增（Baechtel et al．，1993）。必須使用與擴增未知樣本相同的PCR引物合成ladder，保證未知樣本與ladder比較時，可精確獲得未知樣本的重復(fù)次數(shù)。如下所述，商業(yè)試劑公司提供STR分型試劑金的ladder，實驗室無需自己制作。
